มาตรา ๖ ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์โดยอนุมัติของคณะรัฐมนตรี มีอำนาจกำหนดอัตราค่าธรรมเนียมพิเศษ รวมทั้งแก้ไขเพิ่มเติมหรือยกเลิกอัตราค่าธรรมเนียมพิเศษในการส่งออกหรือในการนำเข้า
ค่าธรรมเนียมพิเศษจะกำหนดเป็นเงินหรือทรัพย์สินอย่างอื่นก็ได้
ระเบียบการเรียกเก็บและวิธีการชำระค่าธรรมเนียมพิเศษ ให้เป็นไปตามที่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์กำหนด