มาตรา ๖๓ ให้เลขาธิการมีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) บริหารงานของสำนักงานให้เกิดผลสัมฤทธิ์ตามภารกิจของสำนักงาน และตามนโยบายและแผนระดับชาติ แผนยุทธศาสตร์ นโยบายของคณะรัฐมนตรี คณะกรรมการ และคณะกรรมการกำกับสำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล และระเบียบ ข้อบังคับหรือมติของคณะกรรมการกำกับสำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล
(๒) วางระเบียบเกี่ยวกับการดำเนินงานของสำนักงานโดยไม่ขัดหรือแย้งกับกฎหมาย มติของคณะรัฐมนตรี และระเบียบ ข้อบังคับ ข้อกำหนด นโยบาย มติ หรือประกาศที่คณะกรรมการกำกับสำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคลกำหนด
(๓) เป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานและลูกจ้างของสำนักงาน และประเมินผลการปฏิบัติงานของพนักงานและลูกจ้างของสำนักงานตามระเบียบหรือข้อบังคับของสำนักงาน
(๔) แต่งตั้งรองเลขาธิการและผู้ช่วยเลขาธิการโดยความเห็นชอบของคณะกรรมการกำกับสำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคลเพื่อเป็นผู้ช่วยปฏิบัติงานของเลขาธิการตามที่เลขาธิการมอบหมาย
(๕) บรรจุ แต่งตั้ง เลื่อน ลด ตัดเงินเดือนหรือค่าจ้าง ลงโทษทางวินัยพนักงาน และลูกจ้างของสำนักงาน ตลอดจนให้พนักงานและลูกจ้างของสำนักงานออกจากตำแหน่ง ทั้งนี้ ตามระเบียบหรือข้อบังคับที่คณะกรรมการกำกับสำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคลกำหนด
(๖) ปฏิบัติการอื่นใดตามระเบียบ ข้อบังคับ ข้อกำหนด นโยบาย มติ หรือประกาศของคณะกรรมการกำกับสำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล
ให้เลขาธิการรับผิดชอบในการบริหารงานของสำนักงานขึ้นตรงต่อคณะกรรมการกำกับสำ